研究院设立十个研究部，采用多种灵活方式组织科研队伍，以聘任、双聘等方式引进人才，以“揭榜挂帅”等方式组织科研活动。目前已汇聚中国科学院院士1人，“长江学者”特聘教授4人，国家杰出青年基金获得者9人，国家优秀青年基金获得者2人，中组部青年拔尖人才2人，“青年千人计划”入选者5人。

研究院与中国科大应用化学系融合发展，依托各研究所或研究中心开展工程类和项目类研究生培养，研究院有独立的工程类及项目类的研究生招生指标。